Subnautica zaczyna się od katastrofy Aurory na planecie 4546B, całkowicie pokrytej wodą, pod koniec XXII wieku. Jest jeden jedyny długoterminowy ocalały, który jest bohaterem tej historii. To od gracza zależy, czy przetrwa on pierwsze dni z częściowo zepsutą kapsułą ratunkową nr. 5 i kilkoma zasobami do swojej dyspozycji, poprawi swoją sytuację, poznając obce środowisko i zbierając zasoby, budując lepszy sprzęt, a może nawet znaleźć drogę do domu. Jeśli tak zdecyduje, gracz może również rozpocząć śledztwo w sprawie tego, co stało się z Aurora i jakie tajemnice skrywa Planeta 4546B.

Planeta 4546B to oceaniczna planeta kategorii 3, na której rozgrywa się historia Subnautica. Planeta została założona jako placówka badawcza przez Architektów, która miała badać bakterię o nazwie Kharaa Bacterium. Bakteria Kharaa to wysoce zakaźna obca bakteria odkryta przez Prekursorów podczas eksploracji innego świata i zakładania placówek badawczych na planetach, aby znaleźć lekarstwo. 4546B to jedna z takich placówek.

Planeta 4546B znajduje się na krańcach ramienia Ariadny, krążąc wokół gwiazdy 4546. Litera „B” oznacza, że ​​4546B była pierwszą planetą odkrytą wokół gwiazdy 4546 (lub 4546A). W układzie jest co najmniej dziesięć innych ciał niebieskich, z których każde jest większe niż Księżyc Ziemi. Sama planeta 4546B to planeta wodna mniejsza niż Ziemia z oddychającą atmosferą tlenowo-azotową. Zawiera również dwa księżyce, z których jeden znajduje się bardzo blisko planety, powodując częste zaćmienia Słońca. Na planecie istnieją trzy znane główne ekosystemy: krater, sektor zero i martwa strefa, z których ta ostatnia obejmuje większość planety. Znana planeta jest prawie całkowicie pokryta wodą, z wyjątkiem kilku wysp, i zawiera różnorodne zanurzone biomy. Aurora znajduje się kilka metrów nad powierzchnią, na stosunkowo płytkiej wodzie. Krater posiada pełen ekosystem flory i fauny. Jest to jednak tylko bardzo mały obszar planety, położony w uśpionym kraterze wulkanicznym o średnicy około 2 km. Arktyka wspiera prawie zupełnie inny ekosystem, zawierający więcej stworzeń i roślin przystosowanych do niższych temperatur. Reszta oceanu znana jest jako Krawędź Krateru, jest niezwykle głęboka i prawie pozbawiona życia, utrzymując jedynie mikroskopijne formy życia i organizmy klasy Lewiatan. Nie wiadomo, czy podobne obszary życia istnieją poza kraterem i sektorem zero. Dane architektów i PDA odnotowują wysoką aktywność termiczną jądra planety. Świadczą o tym odpowiednio Strefa Nieaktywnej Lawy i Jeziora Lawy. Architekci skorzystali z tej funkcji, instalując Obcą Ciepłownię w Zamku Lawy, co pozwoliło generatorowi wykorzystać naturalną energię cieplną planety. Cykl dnia i nocy na Planecie 4546B trwa około 20 minut czasu rzeczywistego.